سیر پیشرفت بیماری ام اس در همه یکسان نیست. شدت بیماری نیز از بیماری به بیمار دیگر فرق می‌کند. لذا بیماران نباید خودشان را با یکدیگر مقایسه کنند. در 15 درصد از موارد بیماری سیر بسیار خوش خیمی دارد بطوریکه بیمار پس از یک حمله و ابتلاء به برخی از علائم مذکور بهبودی پیدا کرده و بعد از سالها همچنان بدون حمله جدید و یا مشکلی به زندگی طبیعی خود ادامه می دهند. در مقابل فرم‌های بدخیم هم وجود دارند که ظرف مدت کوتاهی ممکن است سبب ناتوانی شدید شوند. اما در اکثر موارد (90-85 درصد) سیر بیماری به صورت دوره‌های عود و بهبودی است یعنی بعد از هر حمله بهبودی کامل حاصل می‌شود؛ گر چه ممکن است مجدداً بعد از چند ماه یا چند سال همان علائم قبلی و یا علامت جدیدی بروز کند. در اکثر موارد بین هر حمله چند سال فاصله وجود دارد؛ اما گاهی اوقات نیز تعداد عودها بیشتر بوده و فاصله حملات کوتاه است مثلاً ممکن است در طی یک سال چند مرتبه دچار عود شود. البته احتمال عود در سال‌های اول بیشتر است.
در برخی از موارد بعد از هر حمله علائم عصبی بطور کامل رفع نمی‌شود و مقداری از مشکلات عصبی ایجاد شده باقی می‌ماند؛ که به آن عود و پیشرونده گفته می‌شود. در اغلب این موارد ابتدا شکل عود و بهبود وجود داشته است و پس از 20-15 سال به شکل عود و پیشرفت تبدیل شده است.
درتعداد اندکی از بیماران سیر بیماری بصورت دوره‌های عود و بهبودی نیست بلکه علائم بیماری با سیری بسیار آهسته و تدریجی طی چندین سال ایجاد می‌شود. مثلاً ممکن است بیمار طی چندین سال بتدریج دچار ضعف در پاها شود که به این شکل نوع پیشرونده اولیه گفته می‌شود و در حدود 10 درصد موارد بیماری ام اس را تشکیل می‌دهد.
